一个基于网络的天文图谱,用于探索古老物种Sulfolobus acidocaldarius的转录后调节

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 考古生物对极端环境具有显著的适应性.
• 转录后调节对于对环境变化的快速分子反应至关重要.
• 了解古生物中的基于RNA的调节对于破译适应机制至关重要.

研究的目的:

• 综合分析调节性RNA,它们的处理,以及在古老模型生物*Sulfolobus acidocaldarius*中的相互作用.
• 扩大 *S. acidocaldarius* 转录组的注释,包括新的非编码RNA (ncRNA) 和处理站点.
• 研究Sm-like古老蛋白 (SmAPs) 在基于RNA的调控系统中的作用.

主要方法:

• 多种RNA测序 (RNA-seq) 方法的整合.
• RNA免疫沉降测序 (RIP-seq) 用于识别RNA-蛋白相互作用.
• 对转录处理站点和动机的分析.
• 对抗意义RNA (asRNA) 和信使RNA (mRNA) 表达模式的相关性分析.

主要成果:

• 发现了102个跨基因的ncRNAs (sRNAs) 和1048个反意义RNAs (asRNAs).
• 识别了6000多个转录处理站点及其图案.
• 确定转录和Sm-like古老蛋白 (SmAPs) 之间的相互作用.
• 观察到asRNAs及其同源mRNAs之间的对抗性表达特征,特别是在热冲击条件下.
• SmAP1和SmAP2对mRNA和ncRNA的结合偏好的差异.

结论:

• 这项研究显著扩展了*Sulfolobus acidocaldarius*的注释转录组,使用了新的调节性RNA.
• 反意义RNA在调节基因表达以应对环境条件方面发挥着重要作用.
• 在基于RNA的调节网络中,sm类古生物蛋白具有不同的作用.
• 一个公开可访问的网上地图集可以促进对这些数据集的探索,以便在未来对考古RNA调节的研究.