计算分析揭示了SELEX衍生图书馆中的G-四重复性倾向和Aptamer丰富的对比性

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 分子生物学分子生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• G四复合体 (G4s) 是关键的非正规核酸结构,具有重要的生物作用.
• G4结构经常被观察到在aptamer序列中,影响它们的功能.
• 胺剂是诊断和治疗中宝贵的工具.

研究的目的:

• 调查预测的G-四重体形成潜力和SELEX期间的胺酶丰富之间的相关性.
• 评估当前G4预测工具在识别功能性体的有效性.
• 评估计算G4预测与实验结合亲缘关系之间的关系.

主要方法:

• 通过指数式丰富 (SELEX) 的联体的系统进化,使用RNA库对抗c-kit 1 G4 DNA.
• 使用三个G4预测工具分析高吞吐量SELEX库:G4NN,G4Hunter和QGRS Mapper.
• 使用电泳性移动性转移试验 (EMSAs) 验证阿巴胺结合活性的实验验证.

主要成果:

• G4预测工具表现出高的内部一致性,但与实验性aptamer丰富趋势的一致性有限.
• 一小部分序列显示出高预测的G4分数和一致的丰富.
• 经过实验验证的具有强大的结合活性的体通常显示较弱的计算G4签名.

结论:

• 目前的G4预测工具单独不足以有效地选择aptamer候选物.
• 将计算预测与实证性能数据相结合的整合策略对于体发现至关重要.
• 需要进一步的研究来完善计算方法来预测G4体功能.