使用FFPE,新鲜和冷的ccRCC瘤样本评估单细胞RNA分析技术

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 单细胞转录学增强了对瘤异质性,免疫反应和治疗机制的理解.
• 已存档的甲固定,嵌 (FFPE) 标本现在可以使用新的固定兼容平台进行分析.
• 以前的基准测试经常使用外围血液细胞,限制了对人类瘤组织的相关性.

研究的目的:

• 为了比较使用清细胞细胞癌 (ccRCC) 活检的三种10x Genomics单细胞RNA分析方法.
• 评估FFPE兼容snFlex技术与新鲜和冷组织方法的性能.
• 为涉及人类瘤活检的翻译研究提供技术选择指导.

主要方法:

• 三个10x基因组学平台的比较:新鲜的瘤scRNA-seq,快速冷的单核Multiome和FFPE单核Flex (snFlex).
• 清细胞细胞癌 (ccRCC) 活检的分析.
• 评估细胞类型特定的转录特征,并识别细粒细胞状态.

主要成果:

• 在所有主要ccRCC细胞种群的方法中观察到广泛一致的细胞类型特定的转录特征.
• 尽管基因和UMI数量较低,但snFlex可靠地识别了CD8+T细胞,巨细胞和瘤区的详细细胞状态.
• 在识别细胞异质性方面,snFlex的性能与标准的scRNA-seq相美.

结论:

• 每种单细胞RNA分析技术都基于样本保存和研究设计提供了独特的优势.
• 与FFPE兼容的snFlex是分析存档瘤样本的宝贵工具,揭示了类似于新鲜组织方法的细胞状态.
• 这些发现为在转化瘤学研究中选择合适的单细胞RNA分析技术提供了实际指导.