DNA提取和病毒处理方法对恢复的人体肠道病毒社区特征有很大影响

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 微生物组研究 微生物组研究
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 准确地描述人类肠道病毒组对于理解宿主-微生物组相互作用至关重要.
• 诸如多位移放大 (MDA) 和总元基因组等现有方法引入了偏差,使数据解释和可比性复杂化.
• MDA优先放大单链DNA病毒,而总的元基因组被非病毒序列所压倒.

研究的目的:

• 系统地比较由四种常见的人类肠道病毒社区特征化方法引入的偏见.
• 为了评估与MDA和没有MDA准备的病毒大小小小部分元基因组 (病毒基因组).
• 为在病毒生态学研究中比较实验室方法提供框架.

主要方法:

• 应用了四种方法:总元基因组,DNase处理的病毒组,没有DNase处理的病毒组和MDA病毒组.
• 在单个人体便样本上使用了每个方法的技术三重复制.
• 进行了全面的OMIC数据分析,以比较来自每个方法的病毒社区组成.

主要成果:

• MDA 呈现极端偏差,Microviridae 包含 ~90% 的 MDA 病毒组,而非 MDA 病毒组仅占 2%.
• 甲基基因组富含温带菌体和Bacillota菌体,而病毒组 (MDA和非MDA) 则由Bacteroidetes菌体主导.
• DNase 治疗对病毒丰富度或组成的影响很小;去除 ssDNA 病毒部分减少了 MDA 偏差.

结论:

• 准备方法显著影响人类肠道病毒组分析结果,可能导致不同的结论.
• MDA是一种高度偏见的方法,应避免在人类肠道病毒组研究中使用.
• 非MDA病毒组为病毒群体提供了更准确的表征,特别是现在可以获得足够的DNA产量.