EucaMOD:一个全面的多学科数据库,用于功能基因组学研究和快速生长的树的分子育种
Meng Li1,2, Yunpeng Cao1,2, Wenfei Wu1,2
1Guangxi Key Laboratory of Forest Ecology and Conservation, State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-Bioresources, College of Forestry, Guangxi University, Nanning, 530004, China.
一个新的 Multi-omics 数据库 (EucaMOD) 集成了基因组,转录组,表观组和变异组数据. 本资源支持对树物种进行增强的遗传育种和基因功能研究.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 林业科学 林业科学
背景情况:
- 树是全球重要的种植树,对经济和社会利益至关重要.
- 进步的测序技术推动了对树进行多omics数据分析的需求,以改善遗传.
- 现有的Eucalyptus基因组数据库已经过时,缺乏全面的多基因组数据.
研究的目的:
- 开发一个全面的,最新的多学科数据库,用于树物种.
- 促进跨学科研究,支持遗传育种和功能性基因组学研究.
- 为分析不同类型的树分子数据提供一个集中资源.
主要方法:
- 45个树基因组的功能和结构注释.
- 对所有基因组进行比较基因组学和泛蛋白质组学分析.
- 转录基因组,表观基因组和变异基因组数据的标准化分析.
主要成果:
- 开发了Eucalyptus多主题数据库 (EucaMOD),并进行了广泛的数据集成.
- EucaMOD包含来自45个基因组 (39个物种),870个mRNA-seq,17个miRNA-seq,52个表观基因组和1219个变异样本的数据.
- 数据库分为11个模块,包括在线分析工具.
结论:
- 迄今为止,EucaMOD是Eucalyptus最全面的多学科数据库.
- 该数据库支持深入的数据挖掘和重新分析,用于树研究.
- 欧卡莫德提供免费的公共服务,以推进树基因功能和基因工程研究.
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