血液矩阵和样本制备影响血液标记物发现

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物标志物发现发现
• 质谱测量质量谱测量

背景情况:

• 血和血清在高通量蛋白质组学中很常见,但矩阵效应研究不足.
• 常规诊断使用血清或Li-heparin血,而研究通常使用EDTA血.
• 了解矩阵和制备的影响对于强大的蛋白质组分析至关重要.

研究的目的:

• 系统地调查LC-MS/MS蛋白质组概况在不同的血液基因表和样本制备方法.
• 为了确定体液标记蛋白质可靠识别的最佳参数.
• 为了比较各种抗凝剂 (EDTA,酸盐,Li-heparin) 和制备技术的性能.

主要方法:

• 分析了三名健康个体的血液样本 (血清,EDTA血,酸盐血,Li-heparin血).
• 样品的准备包括iST,ENRICH-iST套件,强离子交换 (SAX) 珠,SPEED和酸 (perCA) 沉.
• 在数据独立采集 (DIA) 模式下使用Q Exactive HF-X和timsTOF HT仪器进行质谱测试.

主要成果:

• 蛋白质识别数量在矩阵之间有显著差异;EDTA血和血清的表现优于酸盐血.
• SAX珠子,ENRICH-iST和perCA方法产生了高蛋白质识别,但也增加了可变性.
• 在所有时间TOF HT分析的样本中重叠了181个蛋白质组,确定了矩阵和制剂特定的蛋白质子集.

结论:

• EDTA 血和血清是基于质谱的蛋白质组学的合适矩阵.
• 特定的样本制备方法 (SAX,ENRICH-iST,perCA) 可以提高蛋白质的识别,但需要仔细优化.
• 这种系统的比较为选择适当的血液基因表和生物标志物发现的准备方案提供了指导.