综合性多omics分析确定了与PTM相关的免疫特征和IRF9作为ccRCC中的驱动因素

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物标志物发现发现

背景情况:

• 清细胞细胞癌 (ccRCC) 是异质的,对免疫检查点抑制剂 (ICI) 的反应可变.
• 后翻译性修改 (PTMs) 影响免疫信号和瘤行为,但ccRCC的PTM生物标志物尚未得到研究.

研究的目的:

• 开发和验证基于PTM相关基因的ccRCC的预后和预测生物标志物.
• 研究这种生物标志物与瘤免疫微环境特征和ICI反应的关联.
• 在生物标志物签名中识别关键基因的功能作用.

主要方法:

• 来自TCGA-KIRC的免疫,PTM和差异表达基因的综合分析.
• 使用在多个队列中验证的随机生存森林 (PTMRS) 开发预后模型.
• 免疫分析,基因组分析,外部ICI队列验证 (IMvigor210),单细胞RNA-seq,以及IRF9的实验验证.

主要成果:

• 一个五基因的翻译后修改相关签名 (PTMRS) 强大地分层了ccRCC的预后,并预测了ICI反应.
• 高PTMRS瘤表现出免疫抑制的微环境,改变了瘤性途径,并且与ICI队列中的较差结果有关.
• 在ccRCC中,PTMRS的组成部分IRF9得到了上调,并且在功能上促进了瘤的入侵,迁移和扩散.

结论:

• PTMRS是一种PTM告知的免疫特征,可以改善预后分层,并预测ccRCC中的ICI益处.
• PTMRS反映了免疫抑制瘤微环境,并将IRF9确定为PTM免疫轴内的潜在治疗标.