在兽医物种中基于ITS2的 nemabiome 测序的 QIIME2 管道以及分析参数的重要性
Jeba R J Jesudoss Chelladurai1, Theresa A Quintana2, Aloysius Abraham3
1Department of Pathobiology, College of Veterinary Medicine, Auburn University, Auburn, AL, USA. jebaj@auburn.edu.
Parasites & vectors
|December 17, 2025
概括
与基于R的DADA2相比,QIIME2的DADA2管道提供了更好的分类分辨率和可复制性,用于纳米生物组分析,有助于对胃肠道线虫的兽医研究.
科学领域:
- 兽医寄生虫学 兽医寄生虫学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生态学分子生态学
背景情况:
- 线虫内部转录间隔器2 (ITS2) 的深度幅测序,即"nemabiome",对于研究兽医宿主中的胃肠线虫至关重要.
- 虽然DADA2是一个常见的生物信息管道,但其在R中的参数调整对新手来说具有挑战性.
研究的目的:
- 在QIIME2中实施和评估DADA2管道,用于 nemabiome分析.
- 将基于 QIIME2 的 DADA2 性能与传统的基于 R 的 DADA2 管道进行比较.
主要方法:
- 为犬类,反动物和马类群体生成模拟的 nemabiome 数据集.
- 在十种兽医宿主物种的模拟和公共数据集上测试了QIIME2和R DADA2管道.
- 评估放大序列变体 (ASV) 生成,分类学分类和多样性指标.
主要成果:
- 在模拟数据上,QIIME2表现出更高的准确性与最小的调整,产生较少的未分类类型和更一致的物种识别比R DADA2.
- 贝塔多样性的差异主要是由于分类学赋值变化.
- R DADA2参数的调整影响了未分类的种群数量和错误分类风险.
结论:
- QIIME2为 nemabiome 研究提供了卓越的分类学分辨率和可重复性.
- 生物信息管道的选择显著影响了 nemabiome 数据的结果.
- 为标准化 nemabiome 分析提供了一个用户友好的 QIIME2 工作流.
