一个超敏感的空间组织蛋白质组学工作流,每天超过100个蛋白质组

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 质谱测量质量谱测量
• 组织分析 组织分析

背景情况:

• 高分辨率的空间组织蛋白质体需要优化样本处理,染色学和质谱 (MS) 采集.
• 平衡这些因素对于全面的蛋白质组覆盖至关重要.

研究的目的:

• 为减少损失的组织加工提供先进的cellenONE协议.
• 在timsUltra AIP质谱仪上比较Evosep ONE Whisper Zoom梯度和常见的DIA采集方案.
• 为了评估组织类型,梯度长度和样本数量对蛋白质覆盖的影响.

主要方法:

• 使用先进的cellenONE协议进行组织处理.
• 雇佣的 Evosep ONE Whisper 缩放梯度 (每天20,40,80,120个样本).
• 在timsUltra AIP质谱仪上使用了三种常见的数据独立采集 (DIA) 方案.

主要成果:

• 组织类型,梯度长度和样本量显著影响蛋白质组覆盖范围.
• 增加的组织采样为短梯度 (120/80 SPD) 带来了减少的回报,但对较长梯度 (40/20 SPD) 带来了实质性的收益.
• 使用较长的梯度和较高的组织数量从0.5nL桃体T细胞中量化了超过7500种蛋白质;使用120 SPD方法从0.04nL量化了3200种蛋白质.

结论:

• 开发的工作流允许每天准备和获取100多个高质量的空间组织蛋白质.
• 这便于队列大小的空间组织蛋白质组学用于翻译研究.
• 已证明适用于口腔状细胞癌,揭示疾病途径和特定区域的变化.