使用多组织转录组数据增强子基因组中长非编码RNA的注释
Chenyang Gao1, Ziheng Cai1, Shihao Guo1
1State Key Laboratory of Swine and Poultry Breeding Industry, College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu, Sichuan, China; Key Laboratory of Livestock and Poultry Multi-omics, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu, Sichuan, China; Farm Animal Germplasm Resources and Biotech Breeding Key Laboratory of Sichuan Province, College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu, Sichuan, China.
这项研究对子基因组中长非编码RNAs (lncRNAs) 进行了最广泛的注释,确定了数千种新的 lncRNAs,并预测了它们在肌肉发育和其他生物过程中的作用.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 禽畜科学 禽畜科学 禽畜科学
背景情况:
- 长非编码RNAs (lncRNAs) 是生物过程中的关键调节者,但它们在子基因组中的注释是有限的.
- 子是经济上重要的家禽,了解 lncRNA 对于改善肉类和蛋生产至关重要.
研究的目的:
- 使用广泛的转录组数据系统地注释基因组中的lncRNAs.
- 描述子 lncRNAs 的结构特征并预测它们的调节功能.
- 识别各种类型的lncRNAs,包括组织特异性,家庭,性别偏差和保存的lncRNAs.
主要方法:
- 使用 1,350 个转录组数据集对 lncRNAs 的全基因组注释.
- 与蛋白质编码基因相比,lncRNAs的结构分析.
- 构建 lncRNA-PCG 同表达网络以预测功能.
- 组织特异性,家庭特异性,性别偏差性和保存的 lncRNAs 的识别.
主要成果:
- 在ZJU1.0子参考基因组中,注释了22831个lncRNA位点,其中包括9455个新位点.
- 比蛋白质编码基因, lncRNAs 的长度较短,外因子较少,表达水平较低.
- 预测的lncRNA功能涉及与肌肉相关的途径,如肉骨,细胞骨和焦点粘附.
- 识别各种 lncRNA 类别,包括组织特异性和保存的 lncRNA.
结论:
- 这项研究提供了迄今为止关于子基因组的最全面的lncRNA资源.
- 这些发现为了解子生物学和人工选择中的lncRNA功能奠定了基础.
- 预测 lncRNA 在肌肉发育中的作用为家禽繁殖和遗传改进提供了洞察力.
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