对DDA-PASEF免疫类药物的基准测试软件
Yannic Chen1, Annica Preikschat2, Annette Arnold3
1Helmholtz Institute for Translational Oncology Mainz (HI-TRON Mainz) - A Helmholtz Institute of the DKFZ, Mainz, Germany; DKFZ German Cancer Research Center, Heidelberg, Germany.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|December 21, 2025
概括
这项研究对免疫学软件进行了基准测试,发现PEAKS和FragPipe识别了最多的免疫. 数据库大小会影响性能,强调在质谱分析中需要仔细的软件选择.
科学领域:
- 免疫类药物 免疫类药物
- 质谱法 (MS) 是一种质谱法.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 质谱测量对于高通量免疫的识别至关重要.
- 免疫的识别需要复杂的算法,因为缺乏蛋白质分解特异性.
- 缺乏对免疫类药物数据处理软件的系统评估.
研究的目的:
- 为了对广泛使用的基于数据依赖获取 (DDA) 的软件进行综合性比较.
- 为了比较MaxQuant,FragPipe,PEAKS和MHCquant的性能,识别信心和潜在偏差.
- 评估数据库大小对免疫的识别效率的影响.
主要方法:
- 使用JY细胞系的Thunder-DDA-PASEF数据对MaxQuant,FragPipe,PEAKS和MHCquant进行基准测试.
- 评估免疫的识别能力和信心水平.
- 对潜在偏差的分析以及数据库大小对识别的影响.
主要成果:
- 所有评估的软件平台都成功识别了突出的免疫,具有1%的FDR控制和中高可靠性.
- 皮克斯 (PEAKS) 确定了免疫的数量最多,紧随其后的是FragPipe,这是一个强大的非商业选择.
- 较大的数据库大小对不同软件平台的性能产生了不同的负面影响.
结论:
- 这项研究提供了关于当前MS数据处理工具的优点和局限性的宝贵见解,用于免疫学.
- 推PEAKS和FragPipe用于免疫的识别,而FragPipe作为一个可行的替代方案.
- 这些发现有助于免疫学界选择适合用于质谱数据分析的软件.
