CefiderocolFinder:一种用于检测因 cefiderocol耐药性而导致的遗传适应的工具
Bryan van den Brand1, Daan W Notermans2, Nelianne J Verkaik3
1Centre for Infectious Disease Control (CIb), National Institute for Public Health and the Environment (RIVM), Bilthoven, Netherlands; Department of Medical Microbiology and Infection Control, University of Groningen, University Medical Center Groningen, The Netherlands.
概括
一个新的生物信息学工具,CefiderocolFinder,快速识别了在多药耐药微生物 (MDRO) 中赋予 cefiderocol耐药性的遗传适应. 这有助于理解治疗失败,并改善难以治疗的感染的临床决策.
科学领域:
- 微生物学与传染病的研究
- 生物信息学和计算生物学
- 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性
背景情况:
- 塞菲德罗科尔是针对多耐药微生物 (MDRO) 感染的关键最后手段抗生素.
- 抗醇耐药性的遗传决定因素复杂且难以确定.
- 快速检测耐药机制对于有效的治疗策略至关重要.
研究的目的:
- 开发和验证CefiderocolFinder,这是一个生物信息学管道,用于检测与 cefiderocol耐药性相关的遗传适应.
- 分析全基因组测序 (WGS) 数据,以快速识别耐药性决定因素.
- 为了将遗传发现与抗菌素敏感性测试 (AST) 结果相关联.
主要方法:
- CefiderocolFinder是用Python开发的,包含了对齐,变量调用,注释和过步骤.
- 该管道分析了关键病原体的短读WGS数据,如*大肠杆菌*,*肺炎Klebsiella*,* Pseudomonas aeruginosa*和* Acinetobacter baumannii*.
- 验证使用已知的 cefiderocol AST 结果的 WGS 数据集进行.
主要成果:
- 在MDRO分离物中发现了六种与增高的 cefiderocol 最低抑制度 (MIC) 相关的独特遗传适应.
- 在诸如 *cirA*, *oprD*, *ompC*, *ompF*, *acrR* 和 *ftsI* 等基因中观察到功能丧失突变.
- 在CefiderocolFinder检测到75%的*E. coli*和35%的*P. aeruginosa*分离物中,与耐药性相关的适应性,在*K. pneumoniae*的流行率较低,而在*A. baumannii*中没有.
结论:
- CefiderocolFinder为表型AST结果提供了有价值的遗传背景,特别是在技术不确定性的情况下.
- 该工具可以向临床医生提供有关大肠杆菌 (E. coli) 特定遗传耐药性机制的信息,从而改善治疗指导.
- CefiderocolFinder可以提高对*K. pneumoniae*和*P. aeruginosa*的 cefiderocol耐药性的预测.
- 在CefiderocolFinder管道是公开可访问的研究和临床应用.
