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Updated: Jan 8, 2026
08:57
Amplicon Sequencing using the Long-Read Sequencing Technologies
Published on: August 29, 2025
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针对性的长读纳米孔测序作为检测STRC变体和区分STRCP1伪基因的补充方法
Hideaki Moteki1,2, Shin-Ya Nishio3, Shin-Ichi Usami3
1Department of Hearing Implant Sciences, Shinshu University School of Medicine, 3-1-1 Asahi, Matsumoto, 390-8621, Nagano, Japan. moteki@shinshu-u.ac.jp.
Scientific reports
|December 22, 2025
概括
长读测序精确地检测复杂的STRC基因区域中的听力损失变体. 这种方法克服了STRC伪基所带来的挑战,有助于诊断感应神经听力损失 (SNHL).
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 基因组测序是指基因组的测序.
- 听力损失研究 听力损失研究
背景情况:
- 立体素 (STRC) 基因对于轻度至中度的感觉神经听力损失 (SNHL) 至关重要,特别是缺失.
- 高度同源的STRC伪基因 (STRCP1) 复杂化了单核酸变异 (SNV) 的检测,并在STRC基因中进行了入.
- 由于伪基因干扰,传统的测序方法难以准确分析STRC基因区域的变异.
研究的目的:
- 用纳米孔MinION平台评估目标长读序列,用于检测STRC基因中的SNV和INDEL.
- 评估将长读测序与长距离PCR相结合的有效性,以在复杂的基因组区域中增强变异检测.
- 在具有异性STRC缺失的个体中识别与SNHL相关的新型致病变体.
主要方法:
- 在149个具有SNHL表型和异性STRC缺失的个体的DNA样本上进行了针对性的长读测序.
- 采用远程聚合酶连锁反应 (PCR) 丰富与纳米孔MinION测序相结合.
- 分析了STRC基因区域内SNVs和小indels的测序数据,考虑到伪基因干扰.
主要成果:
- 测序产生了4088次阅读的中位数,中位数深度为2780,平均阅读长度为20.76 kbp.
- 鉴定出43个SNV或小体的个体,包括13个先前报告的和14个新型变体.
- 在复杂的STRC位点中证明了精确的变体检测,克服了伪基因干扰.
结论:
- 有针对性的长读测序是精确检测STRC等复杂基因组区域中的病原体变异的一个有价值的工具.
- 这种方法补充了短读下一代测序 (NGS) 来解决未解决的SNHL的具有挑战性的案例.
- 长读测序和长距离PCR的结合显著提高了在STRC基因中SNV检测的分辨率和准确性.
