使用纳米孔序列测序对输血传播的感染进行无偏见的元基因组探索
Viswanath Ragupathy1, Kylan Kelley1, Jiangqin Zhao1
1Office of Blood Research and Review, Center for Biologics Evaluation and Research, Food and Drug Administration, Silver Spring, Maryland, USA.
Transfusion
|December 26, 2025
概括
纳米孔测序提供了一种新方法来检测各种血液传播的病原体,提高血液供应安全. 这种不可知论的方法可以识别已知和新型病毒,增强输血安全监测.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 新出现的传染病原体对血液供应安全构成持续的风险.
- 传统的核酸测试仅限于已知的病原体.
- 纳米孔元基因组测序为病原体检测提供了一个不可知论的方法.
研究的目的:
- 评估纳米孔MinION元基因组测序的分析性能,用于在临床血样本中检测病原体.
- 为了确定各种输血传播病毒的检测极限 (LoD).
- 评估这个工作流程对血液安全监测的有用性.
主要方法:
- 从已确认感染 (HIV,HBV,HCV,WNV) 的存档血样本中提取DNA/RNA.
- cDNA合成,库编制和纳米孔测序.
- 生物信息学分析用于病原体识别和表征的测序数据.
主要成果:
- 产生的读数超过200万次,其中2.3%的读数映射到微生物序列.
- 可靠检测西尼罗病毒 (WNV),艾滋病毒和C型肝炎病毒 (HCV);HBV检测到修改.
- 实现了HIV,HCV,HBV和WNV的菌株级特征化;发现了并发感染. 在 10^3 GCE/mL 的检测极限.
结论:
- 纳米孔元基因组测序提供了血液传播病原体的全面检测.
- 这种方法通过识别多样化和新型传染病原体来加强输血安全监测.
- 菌株级特征能力支持先进的血液安全应用.
