绩效评估和方法对比基于转录基因的方法用于废水处理废水的表征
Adam D Biales1, Morgan S Hu2, David C Bencic1
1U.S. Environmental Protection Agency, Center for Computational Toxicology and Exposure, Office of Research and Development, Cincinnati, OH 45268.
转录组学有效地评估废水废水对水生生物的风险,在采样方法中显示一致的结果. 实验设计显著影响结果,但转录学为环境风险评估提供了强大的工具.
科学领域:
- 环境毒理学环境毒理学
- 分子生物学分子生物学
- 生态毒素基因组学
背景情况:
- 废水处理废水 (WWTE) 对水生生态系统构成复杂风险.
- 传统方法很难完全描述这些风险.
- 转录组方法为评估生物反应提供了一个敏感的替代方案.
研究的目的:
- 评估用于WWTE评估的转录学方法的一致性和性能.
- 调查实验设计选择对转录组结果的影响.
- 为了进行全面的风险评估,将转录组数据与分析化学进行比较.
主要方法:
- 在幼虫肥头小鱼 (FHM) 上进行RNA测序 (RNA-seq).
- 实验室暴露于复制水 (MRHW) 和WWTE取样 (早上/下午,两天).
- 同时的FHM现场部署;复合样本暴露;与非目标 (NTA) 和目标分析数据进行比较.
主要成果:
- 参考条件的选择 (上游地点与MRHW) 显著影响了差异表达基因 (DEG) 识别.
- 使用MRHW作为比较器,早晨的样本显示在DEG集中具有很高的一致性 (96%重叠).
- 来自采集样本和部署的转录形状与相关性很好,表明了准确的WWTE组成反射.
- 基因表达与NTA数据保持一致,但突出了单独针对性分析的局限性.
结论:
- 转录组方法对于描述像WWTE这样复杂的环境混合物的生物活性非常有价值.
- 实验设计,特别是参考选择和采样时间,对于一致的转录组结果至关重要.
- 将转录学与NTA整合在一起,可以提供更全面的WWTE环境风险评估.
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