使用10×Visium空间转录学和FLEX scRNA-seqq评估小鼠大脑空间细胞类型解析的转录学发现的协议
Mara S Burns1, Ricardo Miramontes2, John C Reidling2
1Department of Neurobiology & Behavior, University of California, Irvine, Irvine, CA 92617, USA.
STAR protocols
|December 28, 2025
概括
这项研究详细介绍了在小鼠组织中空间转录组学和单细胞RNA测序的协议. 它使得在患病的组织微环境中对基因表达和细胞信号的研究成为可能.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 神经科学是一个神经科学.
背景情况:
- 了解患病组织中的空间基因表达和细胞对细胞信号传递对于阐明疾病机制至关重要.
- 目前的方法可能无法完全捕捉完整的组织结构中复杂的分子景观.
研究的目的:
- 为研究在完整的小鼠组织中的分子转录驱动器提出一个全面的协议.
- 整合空间转录学和单细胞RNA测序,用于高分辨率组织分析.
主要方法:
- 该协议涉及在不同年龄段收集和处理小鼠大脑组织.
- 它详细介绍了组织安装,染色,FLEX组织切片收集,固定,解离和细胞存储.
- 使用10×基因组学Visium空间转录组学和10×基因组学FLEX单细胞RNA测序 (scRNA-seq).
主要成果:
- 该协议提供了一个框架,用于在组织的特定空间区域内详细分析基因表达模式.
- 能够在现场识别分子驱动器和细胞-细胞通信网络.
- 促进研究复杂组织中与疾病状态相关的转录变化.
结论:
- 该协议提供了一种可靠的方法,用于完整组织的高分辨率分子分析.
- 它增强了对基因表达和细胞相互作用的空间异质性的理解.
- 提出的方法对于发育生物学,神经科学和疾病病理学的研究是有价值的.
