医院监测中的基因组陷:没有流行病学联系的意想不到的Enterobacter cloacae集群突出了需要谨慎的核心基因组MLST分析解释的需要

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染病流行病学 传染病流行病学

背景情况:

• 全基因组测序 (WGS) 对于在医疗保健中跟踪细菌感染至关重要.
• 核心基因组多部位序列类型 (cgMLST) 是一种用于细菌监测的标准化WGS方法.
• cgMLST具有局限性,特别是在基因多样化的细菌中,如Enterobacter cloacae.

研究的目的:

• 为了调查两个Enterobacter cloacae分离物之间的错误阳性基因组联系.
• 要突出cgMLST在复杂细菌物种中的局限性.
• 强调需要高分辨率的基因组分析和特定背景的解释.

主要方法:

• 使用本地cgMLST计划进行回顾性基因组监测.
• 使用核心基因组单核酸多态 (SNP) 调用进行比较分析.
• 纳入公共基因组数据的分子遗传学分析.

主要成果:

• 两个E.cloacae分离物,在流行病学上无关,分隔四个月收集,最初被标记为与cgMLST相关.
• 随后的SNP分析显示了99个SNP差异,将分离物置于不同的基因组群中.
• 这些发现表明cgMLST可以夸大遗传异质物种的相关性.

结论:

• 在不考虑基因组异质性的情况下过度依赖cgMLST可能会导致假阳性传播链接.
• 高分辨率SNP分析对于确认基因组链接至关重要,特别是当cgMLST结果不一致时.
• 制定标准化,特定物种的cgMLST方案对于精确的细菌监测至关重要.