实验研究和分子建模的抗体与不同诺基诺相互作用的实验研究和分子建模
Yulia I Meteleshko1,2, Maria G Khrenova1,2, Nadezhda A Byzova1
1A.N. Bach Institute of Biochemistry, Research Center of Biotechnology of the Russian Academy of Sciences, Leninsky Prospect 33, 119071 Moscow, Russia.
International journal of molecular sciences
|December 30, 2025
概括
可以预测抗体与类似分子的交叉反应性 (CR). 分子动力学模拟的动态网络分析有助于识别用于化诺 (FQs) 的CRs的结构特征.
科学领域:
- 免疫化学 免疫化学
- 计算化学的计算化学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 针对小分子的抗体通常与结构模拟物具有交叉反应性 (CR),这限制了它们作为分析工具的使用.
- 了解抗原结构和免疫化学活性之间的关系对于抗体应用至关重要.
- 诺基诺 (FQs) 是一种多样化的抗生素类别,具有潜在的交叉反应性问题.
研究的目的:
- 为了研究单克隆抗体 (MAb) 与各种诺基诺 (FQs) 对gatifloxacin的交叉反应性.
- 开发一种计算方法来预测FQ在中的交叉反应性.
- 阐明调控分析剂-抗体结合和交叉反应的分子相互作用.
主要方法:
- 与酶相关的免疫吸收试验 (ELISA) 用于量化MAb与26个FQs的结合.
- 分子动力学 (MD) 模拟来分析结合部位相互作用.
- 动态网络分析MD轨迹,以确定关键的交互特征.
主要成果:
- 对lomofloxacin,sarafloxacin和ciprofloxacin观察到显著的交叉反应.
- 由于类似的核心结构,分子对接不足以区分交叉反应和非交叉反应的FQ.
- 动态网络分析显示,诺龙环和MAb氨基酸之间的较高中心性与交叉反应性相关.
结论:
- 该研究提供了对诺基诺抗体交叉反应的结构基础的见解.
- 动态网络分析为预测中的交叉反应性提供了一个有希望的方法.
- 开发的方法可以应用于其他分析剂-抗体系统,用于对交叉反应化合物的二元分类.
