团队NGS在临床样本中平衡病毒敏感性与全面的微生物检测
Julie Yamaguchi1,2, Gregory S Orf1,2, Jenna Malinauskas1,2
1Infectious Disease Research, Abbott Laboratories, Abbott Park, IL 60064, USA.
Microorganisms
|December 31, 2025
概括
针对病毒元基因组下一代测序 (mNGS) 的向丰富显著提高了敏感性和基因组覆盖率. 将目标丰富 (teNGS) 与mNGS结合到团队NGS中,简化了工作流程,改善了病毒和非病毒微生物的恢复.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 甲基因组下一代测序 (mNGS) 面临着宿主背景干扰和低病毒检测灵敏度的挑战.
- 基于探头的捕获为复杂样品中向核酸的丰富提供了一个有前途的解决方案.
研究的目的:
- 开发和评估一种高度灵敏且具有成本效益的方法,用于使用mNGS在临床样本中检测病毒.
- 优化目标丰富 (teNGS) 协议,并将其与标准的mNGS工作流程集成.
主要方法:
- 从全球临床样本中使用随机原始化和Nextera XT标记生成的mNGS库.
- 使用综合病毒研究小组 (CVRP) 探针进行了目标丰富 (teNGS).
- 优化了捕获池大小和测序深度,然后将teNGS和mNGS库结合到单个测序运行中 (teamNGS).
主要成果:
- teNGS 实现了 100-10,000 倍的深度增长和 >50%的基因组覆盖率,用于标位≥ 1000 cp/mL 的病毒,仅使用 3-4% 的标准 mNGS 读数.
- 团队NGS证明了基因组恢复的改善,保持病毒敏感性和覆盖范围,同时确保非病毒微生物的全面恢复.
- 该方法检测到多种不同的病毒家族,并确定了混合化至少65%的核酸标识.
结论:
- teamNGS显著提高了临床样本中的病毒检测灵敏度和基因组恢复.
- 这种简化方法提高了效率,并有可能通过减少不必要的测试和抗生素使用来优化患者管理.
