CyExpDB:一个基于网络的多种组织特定基因表达平台,用于Cyprinidae鱼类的功能基因组学
Princy Saini1,2, Kunal Chaudhary1, Jutan Das1
1Division of Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, Library Avenue, PUSA, New Delhi 110012, India.
一个新的数据库,CyExpDB,为关键的淡水鱼类提供了全面的转录基因数据. 这种资源有助于水产养殖,进化生物学和育种的研究人员,通过启用详细的基因表达分析.
科学领域:
- * 基因组学和生物信息学
- * 水产养殖和渔业科学
背景情况:
- * 淡水鱼,特别是鱼类,对全球粮食安全和经济发展至关重要.
- *有限的综合性转录组数据阻碍了功能基因组学和主要鱼类物种的繁殖进步.
研究的目的:
- * 创建一个对关键的淡水鱼类 (Cyprinidae) 种类的转录基因数据的集中,可访问的数据库.
- *促进功能基因组学研究,分子育种和鱼类进化研究.
主要方法:
- *系统分析了来自190个BioProjects的1582个RNA-seq样本.
- * 整合了5种107种组织和细胞类型的数据:羊 (Cyprinus carpio),羊 (Carassius gibelio),羊 (Carassius auratus),羊 (Labeo rohita) 和羊 (Ctenopharyngodon idella).
- *开发CyExpDB,一个具有先进可视化和分析工具的关系基因表达数据库.
主要成果:
- *建立了一个可扩展的关系数据库CyExpDB (https://cyexpdb.abrl.in/).
- * 用户友好的界面用于检索,过和可视化编码/非编码基因表达.
- *用于识别组织特异性基因 (tau评分),功能注释 (GO,KEGG) 和途径丰富的工具.
结论:
- *CyExpDB为水产养殖,进化生物学和分子育种领域的研究人员提供了宝贵的资源.
- *数据库加速了鱼类生物学方面的发现,有助于特征改进,并支持保护工作.
- * 促进深入的转录基因探索,以推进淡水鱼类研究.
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