使用临床前癌症模型模拟无细胞色素,用于液体活检应用

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 分子生物学分子生物学
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 无细胞DNA (cfDNA) 作为无细胞染色体 (cfChromatin) 在血液中循环,保留诸如核细胞位等表观遗传信息.
• cfChromatin有可能成为液体活检的癌症生物标志物来源.
• 液体活检研究的挑战包括瘤衍生的低cfChromatin丰度和有限的临床样本.

研究的目的:

• 开发一个模拟cfChromatin核细胞分布的框架.
• 验证模拟cfChromatin作为液体活检研究的临床前工具.
• 改进无细胞色素免疫沉和测序 (cfChIP-seq) 方法.

主要方法:

• 来自核酶处理的组织培养的条件介质被用于模拟cfChromatin.
• 全基因组测序 (WGS) 用于分析核细胞的定位.
• 模拟的cfChromatin配置文件与来自老鼠异种移植和人类患者的血cfChromatin进行了比较.

主要成果:

• 在模拟cfChromatin中推断核素定位反映了细胞类型特定的基因表达和染色质可访问性.
• 来自模拟cfChromatin的核细胞样本与异种移植小鼠的血cfChromatin一致.
• 与患者血相比,模拟的cfChromatin表现出更强的瘤特异信号,该血被血液生成的cfChromatin稀释.
• 模拟的cfChromatin使用cfChIP-seq.q.促进了对转录活性具有预测力的压制性和双价色染色体域的识别.

结论:

• 模拟cfChromatin是一种有价值和可扩展的临床前工具,用于推进液体活检研究.
• 开发的框架有效地模拟了cfChromatin核细胞分布和表观遗传特征.
• 这种方法克服了在临床环境中与低瘤cfChromatin丰度和样本稀缺性相关的局限性.