时间流2:用于流细胞计数据的无监督细胞系检测方法
Margarita Liarou1, Thomas Matthes2,3, Stéphane Marchand-Maillet1
1Department of Computer Science, University of Geneva, Carouge, Switzerland.
概括
时间流2从静态流细胞计数据中推断出细胞分化的途径,而没有事先的知识. 这种方法准确地模拟细胞系和标记器动态,优于现有的工具.
科学领域:
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 细胞谱系检测对于理解细胞分化至关重要.
- 现有的方法往往需要先前的知识或时间数据.
- 大流量细胞测量数据集为谱系推断带来了计算挑战.
研究的目的:
- 开发一种新的计算方法,TimeFlow 2,用于细胞谱系推断.
- 为了从静态的,无序的流动细胞计数据中进行血统检测.
- 准确地建模细胞分化路径和标记物动态.
主要方法:
- 时间流2利用细胞排序,并在伪时段定义粗细胞状态.
- 它构建了细胞状态路径,并使用基于运输的最佳成本函数将它们分组起来.
- 该方法应用于健康的骨髓样本,并与已知技术进行比较.
主要成果:
- 时间流2准确地将单细胞,中性粒细胞,红细胞和B细胞分配给不同的分化途径.
- 在多名患者中,推断的标志物动态显示了对应血统的高相关性.
- 时间流2在流细胞计数据上表现出卓越的性能,在质细胞计数据上表现出竞争力.
结论:
- 时间流2为细胞谱系推断提供了一个强大的,数据驱动的方法.
- 该方法促进了跨多种细胞系的标记物动态的建模和比较.
- 可访问的源代码和教程支持在生物研究中采用TimeFlow 2.
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