通过Xenium Prime 5K进行脱的小鼠肌肉骨样本的空间转录形状分析

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 人体解剖学 解剖学 解剖学

背景情况:

• 空间转录学提供了关于细胞功能在解剖学上下文的见解.
• 对于转录学来说,在矿化肌肉骨组织中保持RNA完整性是具有挑战性的.
• 现有的方法在艰难的固定和脱步骤中扎.

研究的目的:

• 在小鼠肌肉骨组织中开发和验证高质量的空间转录组的综合管道.
• 为了实现跨多种组织类型的转录检测,包括矿化和软组织.
• 为了促进多个样本的同时切割,以获得解剖学一致性.

主要方法:

• 跨心脏输液,固定,脱和抛加工.
• 在空间转录学幻灯片上同时切割样本的共同嵌入策略.
• 利用10x Genomics的Xenium Prime 5K平台进行基于成像的空间转录.

主要成果:

• 在各种肌肉骨组织 (突,骨,软骨,肌肉等) 中实现了70-91%的高质量转录. ) 的情况.
• 检测到每个细胞的不同转录数,从皮层骨中的13到背部根结质神经元中的1100.
• 通过使用正规细胞标记物成功识别了关键细胞类型.

结论:

• 开发的管道成功地从具有挑战性的小鼠肌肉骨样本中生成高质量的空间转录学数据.
• 该协议保留了解剖学上下文和RNA完整性,使细胞和组织层面的详细分析成为可能.
• 该方法是推动肌肉骨生物学和疾病研究的宝贵工具.