BacT-Seq,一个基于纳米孔的全基因组测序工作流程原型,用于从阳性血液培养物中快速准确地识别病原体和预测耐药性:可行性研究
Meriem El Azami1, Véronique Lanet1, Corinne Beaulieu1
1BioMérieux SA, 69280 Marcy-l'Étoile, France.
Diagnostics (Basel, Switzerland)
|January 10, 2026
概括
这项研究引入了BacT-Seq,这是一种全基因组测序试验,用于快速识别病原体,并从血液培养物中预测抗菌素易感性. 该平台显示了更快的临床结果的承诺,尽管耐药性预测需要进一步验证.
科学领域:
- 临床微生物学 临床微生物学
- 基因组测序技术 基因组测序技术
- 传染病的生物信息学
背景情况:
- 准确的病原体鉴定和抗微生物敏感性测试 (AST) 对于血液感染 (BSI) 管理至关重要.
- 实时全基因组测序 (WGS) 提供了全面的病原体识别和抗微生物敏感性预测 (ASP) 的潜力.
研究的目的:
- 引入和评估BacT-Seq,一种基于WGS的原型试验,用于从阳性血液培养物中快速识别病原体和ASP.
- 用牛津纳米孔技术 (ONT) 测序评估BacT-Seq的可行性和性能.
主要方法:
- 从200个阳性血液培养样本中优化DNA分离.
- 网格 (ONT) 测序的应用用于病原体识别和ASP.
- 将BacT-Seq结果与传统识别和表型AST方法进行比较.
主要成果:
- 在不到10分钟的时间内,BacT-Seq识别了大多数单微生物 (89%) 和多微生物 (88%) 样本.
- 单微生物样本的鉴定与传统方法相比没有劣势,具有增强的分类分辨率.
- 基于机器学习的ASP模型在2.5小时内实现了80%的预测准确度,具有特定物种的变异性 (例如,大肠杆菌的96.5%,P. aeruginosa的50.0%).
结论:
- 该BacT-Seq平台可用于从阳性血液培养物中快速准确地识别病原体.
- 生物信息耐药性预测有希望,但在广泛实施之前需要进一步优化和临床验证.
