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Updated: Jan 13, 2026

07:55
Using SCOPE to Identify Potential Regulatory Motifs in Coregulated Genes
Published on: May 31, 2011
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在网络基础上发现非模型植物中的监管动机
Najla Ksouri1, Ammar Abdalrahem1, Francesc Montardit-Tarda1
1Estación Experimental de Aula Dei-CSIC, Zaragoza, Spain.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|January 10, 2026
概括
本协议详细说明了在植物基因调节区域中发现和注释DNA基因的方法. 它将动图与转录因子 (TF) 联系起来,使用任何生物体的基于网络的工具.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 在基因调节区域中识别DNA动机对于理解基因表达至关重要.
- 同表达的基因集群往往具有共同的调节元素.
- 需要计算工具来分析大型基因组数据集,特别是对于非模型物种.
研究的目的:
- 为植物监管区域发现和注释DNA动机提供一个逐步的协议.
- 解释如何评估发现的动机的统计学意义.
- 为了使已识别的图案与潜在的转录因子 (TF) 结合的关联.
主要方法:
- 使用监管序列分析工具 (RSAT) 网络服务器,特别是其专门用于工厂的镜子.
- 分析共同表达的基因的集群或模块.
- 采用生物信息学的方法来发现和注释动机.
- 实施显著性控制的统计方法.
主要成果:
- 在植物调节序列中发现DNA基因的可复制协议.
- 标注动机并将其链接到潜在的TF绑定站点的方法.
- 证明适用于模型和非模型植物物种.
- 基于Web浏览器的可访问性分析.
结论:
- 该协议有助于识别和功能注释植物中的调节性DNA图案.
- 它使研究人员能够使用可访问的网络工具调查基因调节.
- 该方法具有多功能性,适用于各种植物物种,包括那些基因组资源有限的植物.
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