健康的人类肠道微生物组:走向标准化研究

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 对便微生物群的分类组合及其与各种疾病的联系越来越感兴趣.
• 研究人员经常比较健康和患病的队列,以找到潜在的生物标志物.
• 临床应用需要综合发现并建立肠道菌群的参考间隔.

研究的目的:

• 使用16S rRNA基因下一代测序 (NGS) 系统地审查和元分析人类肠道微生物群的研究.
• 评估便样本的准备和队列位置对分类构成的影响.
• 为了确定影响肠道微生物群在不同研究中的变异性的因素.

主要方法:

• 按照PRISMA指南进行系统审查和元分析.
• 包括86个出版物,其中有20748名参与者符合质量标准.
• 统计分析包括描述性统计,线性回归,曼-惠特尼测试和本雅米尼-霍赫伯格调整.

主要成果:

• 对主要类型的相对丰度的分析:Bacillota (49.5-59.6%),Bacteroidota (28.0-33.4%),Pseudomonadota (3.4-5.9%),Actinomycetota (2.3-3.7%),Verrucomicrobiota (0.5-1.0%),Fusobacteriota (最大4.6%) 和Euryarchaeota (最大2.11%) 的相对丰度.
• 对27位家庭层面的关键代表进行评估.
• 在排除了两个大型异常群体后,在类组组成和样本准备或队列位置之间没有发现统计学上显著的关联.

结论:

• 跨研究的概括发现显示,样品准备/位置和肠道微生物群组成之间没有一致的关系.
• 强调在微生物组研究中严格的方法标准化至关重要.
• 概述了16S NGS影响结果的关键特征,并为未来的研究提出了优化方案.