优化了库准备,测序和数据分析协议,用于生成orbivirus共识序列.
Tillie J Dunham1, Tyler J Sherman2, Kirsten J Reed2
1Center for Vector-Borne Infectious Diseases, Department of Microbiology, Immunology, and Pathology, College of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, Colorado State University, Fort Collins, CO, USA.
BMC genomics
|January 13, 2026
概括
使用下一代测序 (NGS) 的简化全基因组测序 (WGS) 协议可减少时间和成本. 优化的方法和OrbiSeq管道使得高质量的病毒基因组测序能够加强监测.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 轨道病毒是具有细分的双链RNA基因组的显著树病毒.
- 传统的测序方法耗时且昂贵.
- 下一代测序 (NGS) 为病毒遗传多样性研究提供了潜力.
研究的目的:
- 为了简化和优化样本准备,测序和分析orbivirus全基因组测序 (WGS).
- 为了减少与orbivirus基因组测序相关的时间和成本.
- 为病毒基因组分析开发可复制的生物信息学工作流.
主要方法:
- 为Illumina和纳米孔测序平台优化样品和库准备协议.
- 开发OrbiSeq,一个用于orbivirus基因组分析的Nextflow工作流.
- 对优化的协议与既定方法进行比较分析.
主要成果:
- 优化的协议产生了高质量的全基因组序列,与既有方法相比.
- 无论是Illumina还是Nanopore平台都产生了可靠的orbivirus基因组序列.
- OrbiSeq管道有效地生成了orbivirus基因组的共识序列.
结论:
- 简化的WGS协议提高了广泛的orbivirus基因组监测的可行性.
- OrbiSeq的工作流支持对细分和非细分的病毒基因组进行分析.
- 优化的测序和分析策略为病毒提供了更深入的进化见解.


