使用e2MPRARA同时进行表观基因组分析和监管活动测量

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 基因组范围内的cis-regulatory元素 (CREs) 标注依赖于转录因子 (TF) 结合和基因组修饰的描述性测试.
• 对CREs的功能验证至关重要,但具有挑战性,目前没有技术能够同时分析调节功能和表观基因组状态.

研究的目的:

• 开发一种新技术,同时对CRE调节功能和相关的表观基因组修饰进行高通量分析.
• 为了使合成增强剂内TF动机的功能剖析,并评估序列扰乱对表观遗传状态的影响.

主要方法:

• 开发一种丰富,然后进行表观基因组分析的大规模并行报告员测试 (e2MPRA).
• 使用lentivirus进行CRE丰富和集成,并与MPRA,Cut&Tag或ATAC-seq.相结合.
• 允许同时评估调节活性,蛋白质结合和表观遗传修饰.

主要成果:

• 证明了e2MPRA在合成增强剂中剖析TF动图的表观遗传功能的能力.
• 通过使用e2MPRA成功评估了序列扰乱对表观遗传状态的影响.
• 实现了对特定序列的调节功能和表观基因组修饰的同时高通量分析.

结论:

• e2MPRA是一种强大的新技术,用于对cis-regulatory元素进行全面分析.
• 该方法促进了对监管代码的理解,对表观基因组的影响,以及改变的表型后果.