乳腺癌细胞系参考样本的表观基因组,转录基因组和蛋白质基因组表征
Chirag Nepal1, Wanqiu Chen1, Zhong Chen1
1Center for Genomics, School of Medicine, Loma Linda University, Loma Linda, CA 92350, USA; Department of Basic Sciences, School of Medicine, Loma Linda University, Loma Linda, CA 92350, USA.
Cell reports methods
|January 15, 2026
概括
本研究建立了针对乳腺癌和B细胞系的综合性多组基因参考材料. 这些集成的基因组,表观基因组,转录基因组和蛋白质基因组数据集作为验证奥米克分析和生物信息学方法的基准.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 分子生物学分子生物学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 下一代测序 (NGS) 要求高精度,可重复性和标准化的参考材料.
- 现有的SEQC-2研究提供了大量的基因组数据,但缺乏综合的表观基因和蛋白质基因参考.
研究的目的:
- 通过测试转移酶可访问染色体,使用测序 (ATAC-seq),甲基-seq,RNA测序 (RNA-seq) 和蛋白质基因分析,建立全面的多基因参考材料.
- 为验证欧米克分析和生物信息学方法提供明确的基准.
主要方法:
- 在配对乳腺癌和B细胞系上进行ATAC-seq,甲基-seq,RNA-seq和蛋白质基因分析.
- 综合基因组,表观基因组,转录基因组和蛋白质基因组数据.
主要成果:
- 鉴定了超过7,700个蛋白质组,其中95%的基因编码单个异型.
- 从CpG岛 (CGI) 叠加的转录中,蛋白质表达更高.
- 染色体可访问性与CG密度相关,影响基因和蛋白质表达模式.
结论:
- 开发了针对癌症和免疫细胞系的综合多omics参考数据集.
- 这些基准对于验证omics技术和生物信息学管道是有价值的.
- 数据支持一个社区资源,用于推进奥米克研究.
