通过对二次结构分布的分析来指导抑制COVID-19感染的DNA吸收酶的序列优化
Maria Izabel Muniz1, Thomas Carzaniga1, Giovanni Nava1
1Department of Medical Biotechnology and Translational Medicine, Università degli Studi di Milano, Segrate, Italy.
Computational and structural biotechnology journal
|January 16, 2026
概括
研究人员开发了一种计算方法来识别功能性体结构,从而产生更短,更有效的SARS-CoV-2抑制剂. 这种方法加速了高性能核酸体体的设计.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 计算生物学 计算生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 由于未知的功能构造,对核酸体的后SELEX优化具有挑战性.
- 抑制SARS-CoV-2/ACE2相互作用的aptamers对于抗病毒策略至关重要.
研究的目的:
- 开发一个框架来识别功能性体结构.
- 为了合理设计针对SARS-CoV-2抑制的优化体.
主要方法:
- 对阿普坦二次结构组合的综合计算和实验分析.
- 使用动力和结构聚类,并使用核酸结构相似度得分.
- 与抑制数据相关的结构模式,以识别功能集群.
主要成果:
- 确定了一个特定的结构集群,负责抑制SARS-CoV-2/ACE2相互作用.
- 设计了一个截断的阿普坦 (67 nt) 与功能集群的相似性增强.
- 这种新型的aptamer显示了对SARS-CoV-2变种的维持或增强抑制 (WT增加71%).
结论:
- 集成的计算和实验策略有效地指导了aptamer优化.
- 这种方法通过减少实验工作量来加快高性能aptamers的开发.
- 优化的阿普坦体显示出对SARS-CoV-2变种的有效性有所提高.


