癌症SEA-X:瘤单细胞资源 微环境 超过30种癌症类型的细胞状态

科学领域:

• 癌症生物学 癌症生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 单细胞研究揭示了癌症中显著的转录和功能异质性.
• 瘤微环境 (TME) 内的独特的癌症,免疫和 stromal 细胞状态越来越多地被认为具有临床和治疗的重要性.

研究的目的:

• 介绍CancerSEA-X,这是CancerSEA的扩展版本,提供了TME细胞状态的全面地图.
• 为已识别的细胞状态提供功能活动光谱和癌症特异性基因关联.
• 为了提高研究人员探索TME细胞状态及其功能相关性的可用性.

主要方法:

• 系统的出版物策划,以整合癌症,免疫和 stromal 细胞状态.
• 汇总了239个单细胞数据集 (来自2120名患者的900多万个细胞) 在32种癌症类型中.
• 开发一个交互式用户界面用于细胞状态表征,基因相关性分析和网络可视化.

主要成果:

• 癌症SEA-X集成了25种癌症,105种免疫和26种树皮细胞状态,共计156种不同的TME细胞状态.
• 为每个细胞状态提供功能活动光谱和基因关联,映射到网络上,以系统地查看TME.
• 具有改进的用户界面,可以全面探索细胞状态及其功能相关性.

结论:

• 癌症SEA-X是研究TME细胞状态和癌症异质性的宝贵平台.
• 有助于更深入地了解瘤微环境中的复杂相互作用.
• 通过阐明TME细胞状态的作用,有可能推进更有效的临床疗法的设计.