通过整合基于同类学和拓学的预测,优化-WSSV蛋白相互作用的计算预测
Zhanyuan Yang1,2, Jianbo Yuan3,4,5, Shihao Li1,2,6
1State Key Laboratory of Breeding Biotechnology and Sustainable Aquaculture, Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao, China.
预测-WSSV蛋白-蛋白相互作用 (PPI) 是抗病毒策略的关键. 这项研究整合了计算方法,确定了对养殖健康至关重要的可靠的PPI.
科学领域:
- 水产养殖是水产养殖的一种方式.
- 病毒学 病毒学
- 计算生物学 计算生物学
- 结构生物学 结构生物学
背景情况:
- (Penaeus vannamei) 和白斑综合征病毒 (WSSV) 之间的蛋白与蛋白相互作用 (PPI) 对于理解病毒机制和开发抗病毒治疗至关重要.
- 像STRING这样的现有方法和实验方法对预测这些相互作用的准确性和可扩展性有局限性.
- AlphaFold3为PPI预测提供了一种新的基于结构的方法,但其在这种情况下的表现需要评估.
研究的目的:
- 建立一个集成的计算框架来预测-WSSV PPI.
- 系统地评估和比较基于同质性和基于结构的预测方法.
- 确定高可信度的PPI和中的潜在抗病毒标.
主要方法:
- 结合基于同质的网络推断与基于结构 (基于拓) 的复杂建模.
- 构建了涉及WSSV蛋白质的假设PPI的3D结构模型 (wsv067, wsv172, wsv188).
- 应用双值 (STRING分数> 700,AlphaFold3分数> 0.7) 和分子动力学模拟进行验证.
主要成果:
- 确定了STRING和AlphaFold3预测之间的实质性差异,突出了综合方法的必要性.
- 发现高的STRING分数与结构稳定的AlphaFold3复合体相关.
- 验证了一组可靠的高可靠性PPI,其中宿主蛋白富含DNA复制通路.
结论:
- 综合框架有效地优先考虑病毒宿主PPI.
- 确定了WSSV和宿主蛋白之间的机理上可信的相互作用.
- 揭示了水产养殖中健康管理的潜在抗病毒标.
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