两步净化方法ViREn识别了一种单个NSUN6介导的5-甲基酸修饰,促进登革热病毒RNA基因组周转
Chia Ching Wu1, Isabel S Naarmann-de Vries2,3, Jonas Hartmann1
1Department of Infectious Diseases, Molecular Virology, Center for Integrative Infectious Disease Research, Heidelberg University, Medical Faculty Heidelberg, 69120 Heidelberg, Germany.
一种名为ViREn的新方法精确地映射了登革热病毒 (DENV) 基因组RNA (gRNA) 上的RNA修饰. 这项研究确定了一个关键的5-甲基细胞素 (m5C) 修改在DENV gRNA上,由NSUN6调节,影响病毒RNA周转率.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 化学RNA修饰可以在转录后调节基因表达.
- 精确地绘制RNA修改,特别是低丰度病毒RNA的精确地绘制,由于灵敏度和纯度要求具有挑战性.
研究的目的:
- 开发一种敏感的方法,用于精确地绘制登革热病毒基因组RNA (gRNA) 上的RNA修饰的精确映射.
- 识别和描述DENV gRNA上的RNA修饰及其功能作用.
主要方法:
- 为登革热病毒 (DENV) gRNA开发了一种两步丰富方法,ViREn.
- 使用Illumina二硫酸盐测序和纳米孔直接RNA测序进行对角验证.
- 确定了负责修改的宿主甲基转移酶NSUN6.
主要成果:
- ViREn显著提高了DENV gRNA的纯度.
- 在位置1218 (m5C1218) 确定了一种高度可靠的5-甲基细胞素 (m5C) 修饰,仅在受感染的细胞中.
- 发现m5C1218调节了DENV gRNA循环,其中NSUN6被确定为催化酶.
结论:
- ViREn可以在低丰富度的病毒gRNA上精确和敏感地映射m5C.
- 已识别的m5C修饰 (m5C1218) 在调节DENV gRNA周转方面发挥着作用.
- 这项工作促进了对病毒复制中的RNA修饰的进一步机制研究.
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