荷兰人类和废水中获得的CPE分离物的比较基因组学揭示了共享和互补的特征

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 传染病流行病学 传染病流行病学
• 基因组监测是指基因组的监测.

背景情况:

• 基于废水的监测正在全球范围内出现,作为追踪病原体的补充方法.
• 抗生素耐药细菌,特别是产生碳酶的肠杆菌 (CPE),对公众健康构成重大威胁.
• 了解CPE在环境中的存在和传播对于有效的控制策略至关重要.

研究的目的:

• 为了确定荷兰人体监测中检测到的CPE是否可以在荷兰废水分离物中找到.
• 为了比较人类和废水衍生的CPE分离物的遗传相关性.
• 评估废水监测对监测CPE的有用性.

主要方法:

• 采用了全基因组测序和全基因组多部位测序类型 (wgMLST).
• 基因组数据被分析为抵抗体和等离子体配置文件.
• 从人类监测和废水中分离出来的样本进行了基因相似性比较.

主要成果:

• 在人类和废水样本中发现了25个基因相关的CPE变异群 (16 *E. coli*, 9 *K. pneumoniae*).
• 在人类和废水衍生的分离物之间观察到高序列相同性 (染色体和等离子体).
• 含有碳烯酶的等离子体显示,两种来源的分离物之间具有很高的同质性 (87-100%).
• 六个集群展示了人类和废水隔离物之间的时空联系.

结论:

• 人类相关的CPE变种存在于废水中,证实了其对监测的有用性.
• 废水监测通过检测循环中的CPE菌株来补充人类监测.
• 持续比较人类和废水监测数据将加强对CPE和其他抗生素耐药性的监测.