快速药物耐药性预测阳性 Mycobacterium 结核病 临床样本使用广泛的目标下一代测序面板
Ebba Rosendal1,2, Joana Isidro3, Sofia Carneiro4
1ECDC Fellowship Programme, Public Health Microbiology path (EUPHEM), European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), Stockholm, Sweden.
一种新的目标下一代测序 (tNGS) 方法可以直接从临床样本中快速预测结核病 (TB) 的耐药性. 这种方法为改善结核病治疗提供了一种更快的替代传统基于培养的药物敏感性测试 (DST).
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 结核病 (TB) 是一个重要的全球卫生问题,复杂的耐药性Mycobacterium结核菌株.
- 目前的药物敏感性测试 (DST) 方法是文化依赖和耗时的,可能会推迟有效的结核病治疗.
- 为了及时和最佳的患者管理,需要快速的基因型DST.
研究的目的:
- 开发和验证用于快速基因型DST的广泛向下一代测序 (tNGS) 方法.
- 能够从临床结核病样本中直接预测耐药性,绕过漫长的培养步骤.
- 评估tNGS的性能与已建立的表型DST和全基因组测序 (WGS) 方法相比.
主要方法:
- 一个tNGS面板设计了30个安普利康,针对19个与对20种抗生素耐药性相关的基因组区域.
- 该方法应用于71个涂抹阳性肺结核病临床样本.
- 进行了DNA提取,多重PCR放大和牛津纳米孔测序,随后使用TB-Profiler进行分析.
主要成果:
- 在tNGS和表型DST (88%的分类一致,增加到97%) 和WGS (92%的分类一致,增加到99%) 之间观察到很高的一致性.
- 验证显示,90%的安普利康实现了超过10倍的覆盖率,61%的样本中所有安普利康都超过了这一门.
- 检测到污染物DNA的最小非特异性放大,大多数非目标读数是人为的.
结论:
- 开发的tNGS方法可以直接从临床结核病样本进行全面的耐药性预测.
- 这种方法代表了结核病诊断和耐药性监测的重大进步.
- tNGS 方法为传统的 DST 提供了快速而准确的替代方案,有可能改善结核病治疗结果.
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