超敏感和快速查与瘤相关的异染色体循环DNA通过选择性实时滚动循环放大
Yiran Liu1,2,3, Gang Li4, Jing Zheng1,2,3
1State Key Laboratory of Environmental Chemistry and Ecotoxicology, Research Center for Eco-Environmental Sciences, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100085, China.
我们开发了一种新方法来检测染色体外圆形DNA (eccDNA),这在癌症中至关重要. 这种技术克服了其他DNA的干扰,使敏感的eccDNA可以用于潜在的临床应用.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 染色体外圆形DNA (eccDNA) 在瘤发生中起着重要作用,并具有治疗潜力.
- 由于大量的线性基因组和线粒体DNA的干扰,检测eccDNA具有挑战性.
- 现有的方法通常需要复杂的物理净化步骤,限制了它们的效率和应用.
研究的目的:
- 介绍一种新的,敏感的方法来检测测测序未知的eccDNA.
- 为了克服干扰核酸所带来的分析挑战.
- 为了使eccDNA能够在没有传统净化的情况下直接检测临床实用性.
主要方法:
- 开发了一种选择性实时滚动圆放大 (sRT-RCA) 方法.
- 采用RecBCD和PacI双酶消化来去除干扰DNA.
- 在酶消化后利用Phi29聚合酶进行直接RT-RCA放大.
主要成果:
- 获得了前所未有的灵敏度 (2 pg eccDNA) 与基因组DNA的10^4倍以上的背景.
- 通过使用简化直接溶解工作流程,从最少125个细胞中检测出eccDNA.
- 在20个临床样本中有9个检测到eccDNA (3个早期阶段,6个晚期患者).
结论:
- sRT-RCA方法有效地克服了eccDNA检测中的分析挑战.
- 在癌症患者中,eccDNA是普遍存在的,这表明它的临床相关性.
- 这种方法弥合了技术上的差距,促进了基于eccDNA的诊断和个性化治疗.
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