更新直接方法 V. 通过帕特森地图估计三重不变量时分阶段进行估计

科学领域:

• 晶体学 晶体学是指结晶学.
• 结构生物学 结构生物学
• 计算化学计算化学

背景情况:

• 此前,使用帕特森地图信息估计三重不变数的新型概率方法被引入.
• 初步测试显示,这种方法的性能优于传统的科克兰估计,这表明即使使用较低分辨率数据 (<2 Å) 进行初始结构解决方案的可行性.

研究的目的:

• 用新型概率方法解决有关直接方法阶段化优化的未解决问题的问题.
• 为了确定帕特森峰值和反射选择的最佳参数,重原子的必要性,以及该方法在初始阶段测定高达2.2 Å的分辨率的能力.
• 介绍一个计算机程序用于常规的宏分子结构解决方案.

主要方法:

• 制定选择帕特森峰数量三重估计的标准.
• 定义在三重搜索中选择反射的标准.
• 对重原子的作用的研究和对enantiomorph敏感三胞胎的识别.
• 开发和测试一个自动化计算机程序用于初始阶段化.

主要成果:

• 建立了优化帕特森峰值和反射使用在三重估计的标准.
• 证实了重原子对于成功应用概率方法的必要性.
• 发现该方法可以识别enantiomorph-sensitive三胞胎,但不能识别负等号三胞胎.
• 开发了一个计算机程序,可以自动解决一些测试结构 (蛋白质,核酸) 的数据分辨率高达2.2 Å,尽管并非没有挑战.

结论:

• 精细的概率方法,具有优化的参数和重原子的包含,增强了宏分子结构的初始分相.
• 开发的计算机程序表明,尽管目前的局限性,但在高达2.2 Å的分辨率上,仍然有可能实现常规结构解决方案.
• 需要进一步开发以克服局限性并充分实现该程序在自动结构确定中的潜力.