射频扩散的实验分析设计了微蛋白来结合SARS-CoV-2核体蛋白
Zeenat Khakerwala1,2, Ashwani Kumar2, Sujay S Gaikwad2
1Homi Bhabha National Institute, Training School Complex, Anushaktinagar, Mumbai, Maharashtra 400094, India.
对SARS-CoV-2的迷你蛋白质结合剂显示出希望,但无意的寡合化阻碍了治疗的发展. 当前的设计工具可以预测结构和稳定性,但不能预测这种关键的结合限制.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 结构生物学 结构生物学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 迷你蛋白正在成为治疗和诊断应用中抗体的可行替代品.
- SARS-CoV-2 核体蛋白质是抗病毒策略的关键目标.
研究的目的:
- 设计和表征针对SARS-CoV-2核囊蛋白的迷你蛋白质结合剂.
- 评估微蛋白设计中的计算工具的预测能力.
主要方法:
- 利用RF扩散用于针对SARS-CoV-2核体蛋白的迷你蛋白质结合剂设计.
- 在大肠杆菌中使用重组蛋白质生产,CD光谱,热再折叠和结合试验.
- 确定了高亲和度结合物的晶体结构.
主要成果:
- 设计了538个候选物质,产生了具有高溶解度和产量的19个小蛋白质.
- 在19种小蛋白中的13种观察到意想不到的寡合化.
- 确定了三种具有纳米分子到微分子结合亲和力的小蛋白质;一个结构确认了设计.
- 在计算预测和实验绑定数据之间发现了差异.
结论:
- 意外的寡合化是迷你蛋白质结合剂发现中的一个重大,被低估的挑战.
- 射频扩散准确地预测了小蛋白质的结构完整性和稳定性.
- 当前的预测指标不考虑寡头行为,影响约束能力.
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