使用HTBGC-Finder对人类肠道微生物群中水平转移的生物合成基因集群的系统表征
Jiacheng Wu1,2, Xiao Yang1, Lanlan Zhao1
1Microbiome-X, School of Public Health, Cheeloo College of Medicine Shandong University Jinan China.
横向转移的生物合成基因集群寻找器 (HTBGC-Finder) 工具在人类肠道微生物群中发现了81种横向转移的BGC. 最常被转移的是核糖体合成和翻译后修改的 (RiPPs),这突显了它们在微生物进化中的作用.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 人的肠道微生物群包含生物合成基因集群 (BGCs),编码生物活性化合物,对宿主微生物相互作用和药物发现至关重要.
- 了解BGC的水平基因转移 (HGT) 对微生物进化和生物技术至关重要,但在肠道中表征不佳.
- HGT塑造了肠道微生物组的遗传组成,并影响了其功能.
研究的目的:
- 开发和应用一个新的计算工具,HTBGC-Finder,用于在人类肠道微生物群中系统识别水平转移的BGC (HTBGC).
- 调查肠道微生物群中HTBGCs的流行,类型和分类分布.
主要方法:
- 开发横向转移生物合成基因集群寻找器 (HTBGC-Finder) 工具.
- 使用HTBGC-Finder对人类肠道微生物群进行潜在HTBGC的系统查.
- 对HTBGCs的统计分析,包括按代谢物类型 (例如RiPPs,CLAs) 的分类和分类学概况.
主要成果:
- 在人类肠道微生物群中识别了81种潜在的HTBGC.
- 核糖体合成和翻译后修饰的 (RiPPs) 是最丰富的HTBGCs (93.83%),显示的转移率明显高于非RiPPs.
- 循环乳自诱导体 (CLA) BGCs也很普遍 (55.56%) 并显示出更高的转移率.
- 横向BGC转移仅在Bacteroidota和Bacillota类中观察到,并注意到跨类事件.
结论:
- 这项研究强调了HGT在塑造肠道微生物群的BCC环境中的重要作用,RiPP是关键参与者.
- HTBGC-Finder为研究BGC进化和发现新生物活性化合物的研究提供了宝贵的资源.
- 这些发现提供了对微生物适应和对宿主微生物群相互作用和健康的潜在影响的见解.
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