一个多重测定检测蚊子物种,血宿主来源和疟疾载体中的Plasmodium使用Nanopore amplicon测序
E Abby Rogers1,2, Dieunel Derilus1, Christopher Sandi1
1Entomology Branch, Division of Parasitic Diseases and Malaria, National Center for Emerging and Zoonotic Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA.
这项研究介绍了一种使用牛津纳米孔技术 (ONT) MinION测序器的成本效益高的方法,用于同时识别疟疾载体,分析血粉源和检测寄生虫. 这种方法提高了昆虫学和流行病学监测的效率和准确性.
科学领域:
- 昆虫学 昆虫学是一门学科.
- 分子生物学分子生物学
- 寄生虫学的寄生虫学
背景情况:
- 阿诺菲莱斯蚊子在全球传播疟疾,需要精确的载体识别,宿主血来源的确定和寄生虫检测.
- 目前用于这些分析的分子方法通常是分开的,导致时间和成本增加.
- 需要综合,高效和具有成本效益的分子工具来监测疟疾载体.
研究的目的:
- 开发和验证用于识别蚊子物种,确定血粉来源和检测Plasmodium寄生虫的同时分子测试.
- 评估牛津纳米孔技术 (ONT) 迷你序列器作为这个综合测试的成本效益平台.
- 为了证明纳米孔测序平台的高通量能力,用于疟疾载体监测.
主要方法:
- 使用ONT MiniION对150只由昆虫养的蚊子 (九种) 和150只以血养的蚊子 (五种血来源) 进行了测序.
- 在40个感染的蚊子样本中分析Plasmodium falciparum的存在.
- 开发一种综合测试,将物种识别,血粉分析和寄生虫检测整合到单个纳米孔测序运行中.
- 纳米孔测序结果与标准的桑格测序协议的比较.
主要成果:
- 在养后48小时内,MinION平台准确地识别了所有9种蚊子物种和5种血来源.
- 在所有40个阳性对照样本中成功检测到菌.
- 纳米孔测序结果与桑格测序高度一致,显示了可比的准确性和可靠性.
- 综合测试显示了高通量能力,一次性处理96个样本.
结论:
- 开发的基于ONT MinION的协议为同时识别蚊子物种,分析血粉和检测寄生虫提供了一种新,高度精确和具有成本效益的解决方案.
- 这种综合方法为疟疾载体监测和流行病学研究提供了显著的优势.
- 纳米孔测序平台是载体传播疾病研究中的分子诊断的可行和高效工具.
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