在病毒感染期间,单细胞RNA-Seq对人类外周血液细胞中可移植元素表达的剖析
Oleg D Fateev1, Vasily E Akimov1, Olga V Glushkova1
1Federal State Budgetary Institution "Center for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks" of the Federal Medical-Biological Agency (FSBI "CSP" of FMBA of Russia), Pogodinskaya str. 10, bld. 1, Moscow 119435, Russia.
可转移元素 (TEs) 调节免疫力. 这项研究在HIV和SARS-CoV-2等病毒感染中发现了独特的非LTR TE表达模式,有助于疾病评估和识别潜在的生物标志物.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 可移植元素 (TE) 对于免疫调节至关重要,在病毒感染期间活性增加.
- 非LTR TEs (LINE,SINE,SVA) 显示了与抗病毒反应相关的改变表达.
研究的目的:
- 在A型流感,HIV和SARS-CoV-2感染期间,研究人类PBMC中的非LTR TE转录密码.
- 确定细胞特异性TE模式,用于疾病严重程度评估,进展预测和治疗评估.
- 分析细胞毒性T细胞中的TE联合表达网络,以找到诊断和治疗点.
主要方法:
- 在98名患者样本上进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq).
- 转录基因组数据的生物信息分析.
- 对TEs和转录因子的共同表达网络分析.
主要成果:
- 在HIV和SARS-CoV-2队列中发现了独特的细胞特异性非LTR TE表达模式.
- 与疾病严重程度,进展和治疗疗效相关的TE表达.
- 前体细胞毒性T细胞表现出最可变的TE表达,这取决于病毒和疾病的严重程度.
- 在TE网络中的关键监管参与者被确定为潜在的生物标志物.
结论:
- 非LTRTE参与调解抗病毒反应.
- 细胞特异性TE特征可以区分疾病的严重程度并预测疾病的进展.
- 已识别的TE相关网络和转录因子为病毒感染提供了潜在的诊断生物标志物和治疗点.
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