可编程多复合蛋白质组学通过序列编码质量标记
Xinyi Sun1,2, Haoni Yan1, Aiting Wang1,2
1Department of Anesthesiology and Surgical Intensive Care Unit, Xinhua Hospital, School of Medicine and School of Biomedical Engineering, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200030, China.
介绍ePAS,一种无同位素标记策略,用于蛋白质组学. 这种新的方法使用了序列定义的化学模块,克服了传统同位素标签的局限性,实现可扩展,具有成本效益和高吞吐量分析.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学
- 分析化学 分析化学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 同位素标记彻底改变了蛋白质组学量化,但由于同位素编码,它在可扩展性,合成复杂性和成本方面面临限制.
- 现有的方法阻碍了临床和单细胞研究中的超高通量应用.
研究的目的:
- 介绍ePAS (可通过序列排序扩展平台),这是一种新的蛋白质组学无同位素标记策略.
- 克服同位素标签的内在局限性,以提高可扩展性,合成和成本效益.
主要方法:
- 开发了ePAS,使用顺序定义的化学模块和非正规氨基酸 (ncAA) 而不是同位素元素.
- 在MS/MS碎片化时,加入了基于proline的部分用于序列特定的记者生成.
- 为概念验证研究设计和合成了一组三重ePAS标签.
主要成果:
- 在复杂的生物样本 (,大肠杆菌,黄金色酸盐) 中表现出强大的性能.
- 实现了高标签效率 (>90%),准确量化 (比例误差<20%) 和广泛的动态范围.
- 显示了多重复合能力的组合增长,并增加了ncAAs.
结论:
- ePAS是一个通用的,合成友好的,可编程的平台,克服了同位素标签的限制.
- 这种新的策略使得超高通量蛋白质组学成为可能.
- 开辟了临床和单细胞蛋白质组学应用的新途径.
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