用绝对16S量化进行负控制定尿道微生物组分析:一项针对新诊断的,未经治疗的膀癌和健康个体的试点研究

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 泌尿器科 泌尿器科 泌尿器科 泌尿器科

背景情况:

• 最近的16S rRNA测序研究挑战了无菌尿的概念.
• 尿液的低生物量使微生物组分析复杂化,原因是试剂和加工的背景噪音.
• 在分析低生物质尿样时存在解释性差距.

研究的目的:

• 开发一种质量控制框架,用于分析低生物质量样本中的尿液微生物群.
• 为了将绝对的16S rRNA基因量化与安普利康序列进行整合,以准确评估细菌负载.
• 为解释尿液微生物组数据建立客观标准.

主要方法:

• 综合绝对的16S rRNA基因量化与尿道16S amplicon测序.
• 使用了负控制定工作流.
• 使用细菌负载作为质量控制门来定义可解释的值和排除标准.
• 从健康志愿者和膀癌 (BC) 患者的中流尿液进行比较.

主要成果:

• 综合工作流确定了排除低质量样本 (<1000次阅读) 的客观标准.
• 细菌负载与测序读数相关,样本>10^6个副本/毫升,产生>10,000个读数.
• 在BC患者中,细菌负荷的中位数低于对照组 (7.0×10^3拷贝/毫升) (1.07×10^6拷贝/毫升),尽管在这个试点研究中没有统计学意义.
• 该框架允许基于负载进行测序的分类,并减少对背景信号的过度解释.

结论:

• 这种负控制定工作流提供了一种可靠的方法来分析低生物质尿液微生物群数据.
• 细菌负载量化作为一种关键的质量控制指标,提高了尿液微生物组研究的可靠性.
• 该框架支持未来对膀癌微生物组的研究,通过将细菌负载作为共变量的建模.