在外周血液单核细胞中直接检测罕见的循环瘤细胞通过scRNAseq:基于spike-in策略的可行性研究
Shivam Kumar1, Divya Janjua1, Udit Joshi1
1Molecular Oncology Laboratory, Department of Zoology, University of Delhi, North Campus, New Delhi, 110007, India.
The journal of liquid biopsy
|February 18, 2026
概括
单细胞RNA测序有效地检测血液中的罕见循环瘤细胞 (CTC). 这种计算框架在识别这些罕见的上皮细胞方面表现出高度的灵敏度和准确性,即使在低度下也是如此.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 循环瘤细胞 (CTC) 是转移性疾病的关键生物标志物.
- 检测血液中的罕见和异质CTC与传统方法具有挑战性.
- 单细胞RNA测序 (scRNA seq) 提供了对罕见细胞群体的公正分析.
研究的目的:
- 评估一个计算尖端框架来评估scRNAseq在CTC检测中的灵敏度和特异性.
- 为了确定在外围血液单核细胞 (PBMC) 背景中识别罕见的上皮细胞瘤细胞的可行性.
主要方法:
- 在PBMC数据集中增加已知数量的宫癌细胞.
- 使用无监督和监督的集群 (k-means) 进行细胞识别.
- 执行线性回归,检测极限 (LOD) 和量化极限 (LOQ) 分析.
主要成果:
- 无监督集群识别出不同的癌细胞集群,检测效率为66%-93%.
- 使用表皮标记物的监督聚类实现了95%-100%的检测准确度.
- 线性回归显示高相关性 (R2=0.9991),LOD在1个细胞和LOQ在~3.3个细胞.
结论:
- 单细胞分析管道有能力检测PBMC中的罕见上皮质瘤细胞.
- 这种scRNAseq方法显示出高灵敏度,特异性和可重复性.
- 这种方法即使在检测非常低度的瘤细胞方面也是有效的.
