分析前因素对血细胞外囊泡和人体血蛋白质组的影响

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 细胞外囊泡生物学 细胞外囊泡生物学
• 生物标志物发现发现

背景情况:

• 血细胞外囊泡 (EVs) 对于蛋白质组生物标记物的发现至关重要.
• 预分析程序可以显著影响蛋白质组和EV分析.
• 对于可靠的血EV蛋白质组学,需要标准化的协议.

研究的目的:

• 调查离心,冷解周期和储存对等离子体蛋白质和EV丰度的影响.
• 评估影响基于EV的血蛋白质组学的分析前因素.
• 为优化等离子体EV蛋白质组工作流提供建议.

主要方法:

• 系统地调查预分析变量:高速离心,冷解周期和长期储存.
• 使用Mag-Net辅助的工作流来实现基于高通量EV的等离子蛋白质组学.
• 量化了EV和蛋白质数量的变化,蛋白质覆盖面和蛋白质丰富/耗尽模式.

主要成果:

• 高速离心 (8000克) 将EV和蛋白质产量降低到30%,使EV标记物无法检测.
• 在一周内进行多次冷解周期对蛋白质覆盖的影响很小,但改变了EV计数和蛋白质模式.
• 长期冷储存显著降低了蛋白质组覆盖率,EV计数,并改变了EV大小分布.

结论:

• 高速离心对血EV蛋白质组有害,影响生物标志物的检测能力.
• 虽然短期的冷解周期具有轻微的影响,但长期储存严重影响了EV研究的样本完整性.
• 严格标准化预分析协议对于可复制和可靠的血EV生物标志物发现至关重要.