评估3D病理组织处理工作流对下游分子分析的影响

科学领域:

• 生物医学成像技术 生物医学成像技术
• 病理学 病理学 病理学
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 标准的二维组织病理学限制了组织采样和形态上下文.
• 非破坏性3D病理学为未来的分析提供体积数据和样本保存.
• 3D病理学对下游测定中的生物分子的影响尚未得到充分理解.

研究的目的:

• 评估3D病理学协议对DNA,RNA和蛋白质完整性的影响.
• 评估3D病理学处理组织与下游分子分析的兼容性.
• 为了确定3D病理学是否可以与分子分析相结合.

主要方法:

• 一个3D病理学协议 (脱,染色,光学清除,光片显微镜) 应用于FFPE癌症样本.
• 组织被重新嵌入并与未经加工的对照组进行比较.
• 进行了DNA/RNA提取,质量评估,PCR,RT-qPCR,桑格测序,RNA测序和IHC.

主要成果:

• 观察到DNA/RNA产量略有下降和碎片化增加,但放大能力在很大程度上得到保留.
• 桑格测序证实了准确的DNA序列,而RNA测序显示了基本不变的转录组形状.
• 针对常见生物标志物的免疫组织化学 (IHC) 染色产生了相似的结果,表明蛋白质保存良好.

结论:

• 3D病理学工作流对DNA,RNA和蛋白质完整性影响最小.
• 3D病理学与下游分子分析兼容,包括测序和IHC.
• 这项研究证明了将3D病理与分子应用集成为全面的癌症分析的可行性.