通过Cell-Cell-seqq系统地绘制相互作用的单细胞二中出现的转录状态的系统映射

科学领域:

• 单细胞基因组学 单细胞基因组学
• 细胞相互作用生物学
• 免疫基因组学是什么

背景情况:

• 标准的转录学方法失去了细胞对身份和相互作用时间.
• 从联体受体共表达推断细胞通信是间接的.
• 了解动态的细胞-细胞相互作用对于生物过程至关重要.

研究的目的:

• 开发一个可扩展的工作流程,以单细胞转录组分辨率对定义的细胞对 (染色体) 进行分析.
• 在相互作用的细胞中捕获和分析短暂的基因表达程序.
• 为了能够对相互作用诱导的基因表达和细胞间协调进行可靠的识别.

主要方法:

• 细胞-细胞-次序工作流使用纳米细胞用于细胞对的限制和同步.
• 定义的细胞二的基于滴滴的RNA测序.
• 伪混合框架用于识别新兴基因和合作伙伴解决的反应.
• cc修复工具用于纠正混合转录组中的组成稀释.

主要成果:

• 数以千计的瘤T细胞二被捕获,揭示了功能和转录资料的显著异质性.
• 在批量测试中隐藏的过渡激活程序被揭露了.
• 统计学上可靠地识别新兴基因,并将反应归因于特定的合作伙伴.
• 发现了协调的跨细胞程序,包括合化学因表达和瘤和T细胞程序之间的反向合.

结论:

• 细胞-细胞-seq是一个可通用的平台,用于剖析免疫突触生物学和映射相互作用依赖的程序.
• 该方法提供了关于瘤-免疫通信的见解,并促进了免疫疗法的功能查.
• 细胞-细胞-seq克服了现有方法的局限性,使我们能够更深入地了解动态细胞相互作用.