捕获序列显示了后COVID废水监测的有希望的公共卫生潜力:一个比较的多技术和时空空间分析
Xiaokang Li1, Bin Xu2, Zhisheng Lai3
1School of Public Health, Sun Yat-Sen University, Guangzhou 510080, China.
Environment international
|February 24, 2026
概括
混合捕获测序提供了针对SARS-CoV-2等病原体的先进废水监测. 该方法为公共卫生威胁提供了早期警告,并分析了各种病毒和细菌群落.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 基于废水的流行病学 (WBE) 对于监测传染病至关重要.
- 像RT-qPCR和tNGS这样的传统方法在基因组覆盖和全面监测的吞吐量方面存在局限性.
- 后COVID时代需要改进WBE策略,以便早期检测新出现的威胁.
研究的目的:
- 评估基于捕获的混合测序 (HybCapSeq) 工作流程,用于SARS-CoV-2检测和废水监测.
- 将HybCapSeq的性能和成本与RT-qPCR和tNGS进行比较.
- 评估HybCapSeq在更广泛的病原体检测和环境病毒组表征方面的实用性.
主要方法:
- 对HybCapSeq.的五个探针面板 (3个商用,2个定制) 的评估.
- 将HybCapSeq与RT-qPCR,tNGS和元转录组测序 (MetaT) 的比较.
- 在中国两个城市的多个样本采集地点使用HybCapSeq进行纵向废水监测.
主要成果:
- 与其他方法相比,HybCapSeq表现出可比或优异的SARS-CoV-2检测和变种跟踪.
- 来自HybCapSeq的SARS-CoV-2基因组覆盖的时间趋势比临床病例早1-2周.
- HybCapSeq 能够同时检测各种病毒,新型种群和细菌群体,包括抗菌素耐药性基因.
结论:
- HybCapSeq是一个强大的WBE平台,用于病原体监测和预警系统.
- 战略探测设计和地点选择提高了HybCapSeq的有效性.
- 这种方法支持在后COVID时代的流行病准备和公共卫生反应.
