对 perfluorooctanoic 酸相关的膀癌症发生的毒基因组特征

科学领域:

• 环境毒理学环境毒理学
• 癌症基因组学 癌症基因组学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• perfluorooctanoic 酸 (PFOA) 是一种带有潜在健康风险的环境污染物.
• 了解化学物质暴露和癌症之间的分子联系对于公共卫生至关重要.
• 膀癌转录组学提供了关于瘤发育和进展的见解.

研究的目的:

• 以计算方式弥合毒理学目标预测和膀癌转录组学.
• 为了确定PFOA暴露和膀癌之间共享的分子特征和途径.
• 根据已识别的分子特征开发膀癌的预测模型.

主要方法:

• 从五个数据库收集了9591个与PFOA相关的假定分子标.
• 在五个膀癌队伍中进行了差异表达和基因共同表达网络分析.
• 使用功能丰富,机器学习 (SHAP) 和分子对接来进行路径分析和预测.

主要成果:

• 确定了69个候选基因,主要与细胞周期控制和DNA损伤有关.
• 开发了一种具有优异差别性能的九基因分类器 (AUC 0.986培训,0.944-1.000外部).
• MCM7被确定为关键预测因子;PFOA显示与IGFBP2的强烈预测相互作用.

结论:

• 综合毒理学预测和转录基因分析,将PFOA暴露与膀癌联系起来.
• 九基因分类器表现出强大的性能,并捕获PFOA交叉路径.
• 在化学暴露和癌症生物学之间提供系统层面的共享转录程序的视角.