CERTOMICS:可信的单细胞多组学管道,用于采用细胞免疫疗法的高分辨率分析
Christina Katharina Kuhn1, David Schmidt1, Michael Rade1
1Department of Medical Bioinformatics, Fraunhofer Institute for Cell Therapy and Immunology IZI, Leipzig, 04103, Germany.
Bioinformatics (Oxford, England)
|February 25, 2026
概括
我们开发了CERTOMICS,这是一个CAR意识的计算管道,用于采用细胞免疫疗法的单细胞多组分析. 这种工具提高了对CAR T细胞疗法的免疫类型和数据解释的确定性.
科学领域:
- 单细胞多组的多组学
- 免疫治疗是一种免疫疗法.
- 计算生物学是一种计算生物学.
背景情况:
- 采用细胞免疫疗法,包括CAR T细胞疗法,已经彻底改变了癌症治疗.
- 抗药性,复发性和成本等挑战阻碍了这些疗法的有效性和可获得性.
- 了解细胞异质性和分子形状对于改善CAR T细胞疗法至关重要.
研究的目的:
- 为了解决缺乏标准化的计算管道,用于对CAR T细胞产品的单细胞多组学分析.
- 开发一个 CAR-aware 管道,使得可靠的 CAR-阳性细胞的识别和特征.
- 为分析和开发CAR T细胞疗法提供可扩展的资源.
主要方法:
- 开发CERTOMICS,一个基于Nextflow的,对CAR有意识的计算管道.
- 10x基因组学单细胞多基因组学数据处理的标准化.
- 整合CAR特定的识别和质量控制步骤.
- 创建一个精心策划的CAR构造序列和注释数据存储库.
主要成果:
- 在采用细胞免疫疗法时,CERTOMICS在免疫表型和数据解释方面提供了更高的确定性.
- 该管道标准化了单细胞多组数据的处理,包括CAR特定分析.
- 为CAR构造序列和注释数据提供了一个全面的资源.
结论:
- CERTOMICS提供了一个标准化和 CAR 意识的计算解决方案,用于采用细胞免疫疗法的单细胞多组学分析.
- 该管道有助于改善CAR T细胞治疗数据的分析和解释.
- 附带的资源库支持正在进行的CAR T细胞疗法的研究和开发.
